Yasa gereği, Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurulu, biri başkan, biri de ikinci başkan olmak üzere toplam 7 üyeden oluşuyor. Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurulu, Kurum'un karar organı sayılıyor. 

Yasa uyarınca, Kurul başkan ve üyelerinin görev süresi 6 yıl olacak, süreleri biten üyeler yeniden seçilebilecek. Kurul başkan ve üyelerinin, görev süreleri dolmadan görev sürelerine son verilemeyecek. Kurul üyeleri, özel bir kanuna dayanmadıkça resmi veya özel hiç bir görev alamayacak. Dernek, vakıf, kooperatif vb. yerlerde yöneticilik yapamayacak, ticaretle uğraşamayacak, serbest meslek faaliyetinde bulunamayacak. Ücret karşılığı konferans ve ders veremeyecek, hiç bir ortaklıkta pay sahibi olamayacak.

Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurulu'nun ilk oluşumunda şu isimler yer aldı:
(Atama kararı, 31 Mart 2000 tarih ve 24006 (Mükerrer) sayılı Resmi Gazete'de yayımlandı)

Başkan: Zekeriya Temizel (Maliye eski Bakanı)
2. Başkan: Biltekin Özdemir (TBMM Plan ve Bütçe Komisyonu eski Başkanı, Maliye Bakanlığı eski Müsteşarı)
Üyeler:
     Prof. Dr Kemal Çevik
     Prof. Dr. Bilge Hacıhasanoğlu
     Servet Taşdelen (Yeminli Murakıplar Kurulu Başkanı)
     Halil Yetkin
     Ural Şekerci

Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurulu üyeleri, 6 Nisan 2000'de Yargıtay 1. Başkanlar Kurulu önünde yemin ederek görevlerine başladılar.

Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurulu, 25 Mayıs 2000'de, kendi üyeleri ile kurum personelinin uyacağı 42 meslek ilkesini belirledi. Kurul Başkanı Zekeriya Temizel'in "önce etik değerler" diyerek kurul üyeleri ile hazırladığı meslek ilkeleri, kararname taslağı halinde Bakanlar Kurulu'nun imzasına sunuldu. Bu ilkeler, 22 Haziran 2000'de Resmi Gazete'de yayımlandı.

Belirlenen ilkelere göre, bakmakla yükümlü olunan aile bireyleri dahil olmak üzere kurul üyelerinin eşlerine bankalarda avantajlı koşullarda hesap açtırılmayacak. Üyeler ve personel, hisse senedi, hazine bonosu ve devlet tahvili de alamayacak ve dolaylı dahi olsa ticaretle uğraşmayacak, serbest meslek faliyetlerinde bulunmayacak. Kurumla ilişkisi olanlardan hediye alınmayacak. Bu arada düzenlemenin son bölümünde, kurum personelinin işe başlarken tespit edilen ilkelere uygun davranacağı yolunda taahhütte bulunacağı hükmüne de yer verildi.
BDDK Meslek ilkeleri

Merkez Bankası ve Hazine Müsteşarlığı'nın bankacılık alanındaki yetkilerinin Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurumu'na (BDDK) devri ile üç kurum arasındaki işbirliği esaslarını düzenleyen protokol, 31 Ağustos 2000 tarihinde imzalandı. BDDK binasında imzalanan protokole, Hazine Müsteşarı Selçuk Demiralp, Merkez Bankası Başkanı Gazi Erçel ile Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurumu Başkanı Zekeriya Temizel imza koydular.

BDDK Başkanı Zekeriya Temizel, imza töreninden önce yaptığı konuşmada, Kurum'un yasa gereği 31 Ağustos 2000 tarihinden itibaren faaliyete geçtiğini belirtti. Temizel, "Kurum'un faaliyete geçmesiyle birlikte, Türk bankacılık sistemi için yeni bir dönem başlamaktadır" diye konuştu.
Temizel'in açıklama metni

Zekeriya Temizel, Şubat 2001 krizinden sonra ekonomiden sorumlu devlet bakanlığına Kemal Derviş'in getirilmesinin ardından, 3 Mart 2001'de BDDK Başkanlığı görevinden istifa etti.
Temizel'in istifası

Temizel'in, istifasından sonra BDDK Başkanlığı'na, 17 Mart 2001'de Engin Akçakoca atandı.
(Atama kararı, 17 Mart 2001 tarih ve 24345 sayılı Resmi Gazete'de yayımlandı.)

Bu atamayı, 13 Haziran 2001'de 2. Başkan ve üyelerin atamaları izledi.
(Atama kararı, 13 Haziran 2001 tarih ve 24431 sayılı Resmi Gazete'de yayımlandı.)

2. Başkan:
Üyeler:
     Prof. Dr Kemal Çevik
     Yusuf Ziya ÖNDER
     Ali Akın TARI
     Atilla TAŞDEMİR
     Mehmet Nuri DOĞULU

BDDK 2. Başkanı Ali Vefa Çelik, Ağustos 2001'de üyelikten istifa ederek, Merkez Bankası’ndaki Genel Müdürlük görevine döndü.

Bankalar Kanununda Değişiklik Yapılmasına İlişkin 4672 sayılı Yasanın Geçici 3. maddesi uyarınca, Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurulu (BDDK) üyelerinin görev sürelerinin 2. yılının sonunda yenilenecek iki üyenin belirlenmesine yönelik olarak yapılan kura çekimi sonucu, Ali Akın Tarı ile Atilla Taşdemir'in kurul üyelikleri 13 Haziran 2003'de sona erdi.